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El municipio está situado sobre un terreno muy abrupto, en la falda del Cerro de la Mujer Muerta, también llamada Peña de Cabra, en el macizo del Ayllón, bajo los picos Albirigoño, Peña Portilla y El Picazo.
El término cuenta con una vegetación constituida por matorrales de jara y masas forestales de rebollos, con zonas de población de pino, sobre todo en las colinas que dominan el embalse de El Villar. Por el norte hay bosques de encina y de rebollo. Berzosa está bañada por el río Lozoya, el río Riato y el arroyo del Barranco de la Hiena. Además, cuenta con las fuentes de Norteña y el Saz. El embalse de El Villar se asienta en parte del término municipal de Berzosa y es uno de los primeros que se construyeron en la zona para abastecer de agua a Madrid.
